โรงเรียนสงขลาพัฒนาปัญญา เดิมเป็นศูนย์สงเคราะห์บุคคลปัญญาอ่อนภาคใต้ จังหวัดสงขลา ของมูลนิธิช่วยคนปัญญาอ่อนแห่งประเทศไทยในพระบรมราชินูปถัมภ์ ในปี พ.ศ. ๒๕๓๐ ได้มีการวางศิลาฤกษ์อาคารถาวรหลังแรก " อาคารธารน้ำใจใต้ร่ม พระบารมี " และในปี พ.ศ. ๒๕๓๔ คุณประพันธ์ สาณะเสน คหบดีจังหวัดสงขลาได้ มีจิตศรัทธาบริจาคเงินก่อสร้างอาคาร ๑ หลัง ให้ชื่อว่า " อาคารสาณะเสน" ในปี พ.ศ. ๒๕๓๕ ศูนย์สงเคราะห์บุคคลปัญญาอ่อนภาคใต้ได้ขอจัดตั้งเป็นโรงเรียนเอกชนประเภท การศึกษาพิเศษ ใช้ชื่อว่า " โรงเรียนสงขลาพัฒนาปัญญา "

       พ.ศ. ๒๕๓๖ คณะกรรมการมูลนิธิและกรรมการของศูนย์ ฯ พร้อมใจกันน้อมเกล้า ฯ ถวายสมเด็จพระนางเจ้า ฯ พระบรมราชินีนาถ เพื่อถวายเป็นพระราชกุศลซึ่งหลังจาก ได้ทรงรับมอบไว้แล้ว ทรงมอบหมายให้กระทรวงศึกษาธิการรับไปดำเนินการจัดการ ศึกษาในสังกัดกองการศึกษาพิเศษกรมสามัญศึกษาและกระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศ จัดตั้งเป็นโรงเรียนของรัฐบาล เมื่อวันที่ ๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ เป็นต้นมา

       ปัจจุบัน โรงเรียนสงขลาพัฒนาปัญญา เปิดสอนนักเรียนที่มีความบกพร่องทางสติปัญญา ตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาล ถึง ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๖ ทั้งนักเรียนประเภทประจำและไปกลับ โดยสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ